«شــورای اعطــای مجوزهــا و امتیازهــای علمــی» مرجــع تصمیم‌گیـري در زمینـه بررسـی شـرایط و ضوابـط علمـی و قانونـی صـدور امتیـاز علمـی بـه مجـلات، تأسـیس انجمن‌ها، قطب‌هـای علمـی، واحدهـای پژوهشـی و اعطـای امتیـازات کرســی های نظریه‌پــردازی، نقدومناظــره و آزاداندیشــی در حــوزه علمیــه خراســان اســت کــه زیــر نظــر «شــورای عالـی حـوزه علمیـه خراسـان» فعالیـت مي‌کنـد. این شورا متشکل از چهار کمیته شامل کرسی‌های علمی، نشریات علمی، واحدهای پژوهشی و انجمن‌های علمی می‌باشد که اعضای آن را شورا مشخص می‌سازد.
همچنین اداره دبیرخانه این شورا ذیل مدیریت مجموعه‌های علمی معاونت علمی حوزه علمیه خراسان وظیفه دریافت و ثبت و بررسی اولیه درخواست‌ها و آماده‌سازی جهت طرح در کمیته‌های چهارگانه، اطلاع‌رسانی مصوبات شورا و کمیته‌ها و تهیه گزارش از فعالیت‌های آنرا بر عهده دارد.